ChineNouvelle souche variante 501Y-V2 du coronavirus d’Afrique du Sud
Le 18 décembre 2020, l’Afrique du Sud a détecté un mutant 501Y-V2 du nouveau coronavirus.Aujourd’hui, le mutant sud-africain s’est propagé dans plus de 20 pays.Des expériences ont montré que les mutants du nouveau coronavirus peuvent être porteurs d'autres variantes du nouveau coronavirus des mutations K417N/T, E484K et N501Y qui peuvent réduire la capacité neutralisante des anticorps neutralisants plasmatiques induits par le vaccin.Cependant, par rapport au génome de référence Wuh01 (numéro de séquence MN908947), la séquence 501Y.V2 du génome mutant sud-africain comporte 23 variantes nucléotidiques.Il présente la même mutation N501Y que le sous-type B.1.1.7 du mutant britannique, mais contient toujours des mutations sur deux sites clés E484K et K417N de la protéine S qui ont des effets potentiellement importants sur la capacité du virus à infecter.
Le nouveau coronavirus est un virus à ARN simple brin, dont les mutations génomiques sont plus fréquentes.La détection d’une cible unique peut facilement conduire à une détection manquée d’échantillons présentant une faible charge virale et des souches virales mutées.Le taux de réexamen des simples positifs dans la détection cible peut atteindre plus de 10 %, ce qui peut augmenter la charge de travail et prolonger le temps de diagnostic.La détection multi-cibles et la vérification mutuelle des résultats de chaque cible peuvent augmenter le taux de détection et faciliter un diagnostic précoce.
Figure 1. Diagramme schématique du mécanisme d’infection du nouveau coronavirus
Nouveau mutant du coronavirus B.1.1.7 de Grande-Bretagne
Le 26 décembre 2020, le premier article scientifique sur la souche B.1.1.7 a été publié en ligne.L'Institut d'hygiène de l'Université de Londres au Royaume-Uni et des maladies tropicales a confirmé que la souche B.1.1.7 est plus capable de se propager que les autres souches, soit plus de 56 % (IC à 95 % 50-74 %).Parce que cette nouvelle souche mutante a un pouvoir de transmission plus évident, il est devenu plus difficile de contrôler le COVID-19.Le lendemain, l’Université de Birmingham au Royaume-Uni mettait en ligne un article sur MedRxiv.L’étude a révélé que le nombre de copies des gènes du virus ORF1ab et N chez les patients infectés par la souche mutante B.1.1.7 (abandon du gène S) était significativement augmenté ;ce phénomène a été suivi dans la population.Cet article souligne que les patients infectés par le mutant B.1.1.7 de Grande-Bretagne ont une charge virale significativement plus élevée, ce mutant peut donc également être plus pathogène.
Figure 2. La séquence de mutation du génome contenue dans la souche mutante du coronavirus B.1.1.7 de Grande-Bretagne
Figure 3. La mutation N501Y s'est produite en Grande-Bretagne et en Afrique du Sud.Variantes
Kit de détection des nouvelles variantes du coronavirus
Chuangkun Biotech Inc. a développé avec succès un kit de détection pour les nouvelles variantes du coronavirus B.1.1.7 et 501Y-V2.
Avantages de ce produit : haute sensibilité, détection simultanée de 4 cibles, couvrant les principaux sites de mutation de la souche mutante B.1.1.7 et de la souche mutante sud-africaine 501Y.V2.Ce kit permet de détecter simultanément les sites de mutation N501Y, HV69-70del, E484K et le nouveau gène S du coronavirus ;Test rapide : il ne faut que 1 heure 30 minutes entre le prélèvement de l’échantillon et le résultat.
Figure 4. Détection de la courbe d’amplification des variantes britanniques du COVID-19
Figure 5. Détection de la courbe d’amplification des variantes sud-africaines du COVID-19
Figure 6. Courbe d’amplification du nouveau coronavirus de type sauvage
On ne sait pas clairement comment ces mutations accumulent les nouveaux impacts à long terme de la pandémie de COVID-19.Mais cela rappelle que ces mutations peuvent affecter l’efficacité de l’immunité naturelle et celle induite par la vaccination.Cela nous rappelle également que nous devons surveiller en permanence le nouveau coronavirus et mettre à jour le vaccin contre la COVID-19 pour faire face à l’évolution du nouveau coronavirus.
Heure de publication : 12 mars 2021